Logiciels

La plateforme GAMA

GAMA, la plateforme open-source (http://gama-platform.org/) de simulation développée par UMMISCO, qui dépasse les 2000 utilisateurs.

GAMA est une plate-forme générique écrite en Java, dédiée à la conception et à la simulation de modèles à base d’agents. Initialement conçue en 2007 par l’équipe MSI (ancêtre du Centre UMMISCO d’Asie du Sud Est) à Hanoi, elle a depuis été développée par un consortium de laboratoires dirigé par UMMISCO. GAMA intègre un environnement de développement et un langage de modélisation de haut niveau (GAML) qui offrent des avancées significatives par rapport aux plateformes de modélisation déjà existantes : (1) une gestion poussée des données géographiques qui permet, à l’aide d’opérateurs spatiaux dédiés, de réifier et de manipuler des données SIG ; (2) un ensemble de structures et de commandes facilitant la définition de modèles multi-niveaux qui permettent de décrire et d’observer, dans un même modèle, un phénomène à différentes échelles, par exemple à l’échelle de la ville et à l’échelle de l’habitant ; (3) des outils automatisés d’aide à l’exploration de modèles permettant de définir des plans d’expérience et de les exécuter sur des ressources de calcul haute performances (cluster, grille) ; (4) un système de plug-ins qui permet d’étendre le langage GAML pour des besoins spécifiques à certains domaines d’application ou pour l’usage de différents formalismes.

Chaque version de la plate-forme a été téléchargée environ un millier de fois depuis sa mise à disposition en open-source en janvier 2009, et nous estimons le nombre total d’utilisateurs à environ 2000.  En 2016, GAMA, dans sa version 1.7, offre des ponts vers les logiciels R et OpenMole grâce aux plugins Gamar (https://github.com/choisy/gamar/) et Gamole (Romain Reuillon et al. 2015). A partir de ces deux environnements, il est aujourd’hui possible de directement déployer des simulations GAMA sur un cluster pour réaliser des plans d’expériences. Un module de simulation distribuée MPI est également à l’étude en collaboration avec l’Université de Franche-Comté. La version 1.7 offre également des outils de rendu graphique (en 3D), en permettant en particulier de suivre les évolutions de plusieurs simulations en parallèle à partir d’un même modèle et permet de mettre à profit l’architecture à base d’agents pour faciliter le couplage et la réutilisation de modèles externes, faisant de GAMA une plateforme idéale pour la modélisation dite hybride. Enfin, GAMA dans sa version 1.7, offre un ensemble d’outils pour la simulation participative (pilotage via des tablettes numériques, actions à distance sur les simulations via le réseau, rendus graphiques spécifiques selon le profil des utilisateurs, etc.).

La plateforme EPICAM

Une plateforme pour la surveillance de la tuberculose

Le Centre UMMISCO d’Afrique Centrale et de l’Est, le Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT), le MEDES (Toulouse, France) et le Centre Pasteur du Cameroun ont engagé une collaboration exemplaire pour la mise en place d’un système de surveillance de la tuberculose. Déployé sur 47 sites, EPICAM permet d’ores et déjà le suivi individualisé de la prise en charge de 65% des malades enregistrés au Cameroun, et une meilleure circulation de l’information entre les acteurs (personnel soignant, épidémiologistes et décideurs).Le système est basé sur la plateforme Imogene, logiciel open-source qui permet la génération rapide d’applications de collecte de données en utilisant la technologie MDA (Model Driven Architecture). EPICAM a été l’un des lauréats du prix de l’innovation de l’Agence Française de Développement (AFD) en 2014. EPICAM représente un exemple parfait de collaborations entre disciplines scientifiques, dans lequel le modèle joue un rôle de médiation entre partenaires, permettant, au-delà de la collecte de données, de travailler sur des scénarios et d’influer ainsi sur la prise de décision publique.

 

Ichthyop

Ichthyop est un outil Java gratuit conçu pour étudier les effets des facteurs physiques et biologiques sur la dynamique de l'ichtyoplancton.

Il intègre les processus les plus importants qui interviennent au début de la vie des poissons: mouvement, croissance, mortalité et recrutement. L'outil utilise comme entrée des séries temporelles des champs de vitesse, la température et la salinité archivés à partir des modèles océaniques ROMSMARSNEMO ou SYMPHONIE  (fichiers ou OpenDAP).

L'outil offre deux modes de fonctionnement. Le premier fournit une interface graphique conviviale pour configurer et exécuter la simulation et visualiser le transport d'œufs et de larves virtuels, en créant des GIF animés ou en exportant les trajectoires au format KMZ (Google Earth). Le second est un mode batch qui donne la possibilité de faire des séries de simulation. Les deux modes produisent des fichiers de sortie NetCDF qui stockent des informations sur la dynamique simulée des individus (temps, longitude, latitude, profondeur, longueur, etc.). En savoir plus ...

 

Kendrick

Un ensemble de d'outils de simulation de modèles mathématiques de maladies infectieuses

Kendrick inclut plusieurs classes de modèles, à savoir, des modèles épidémiques comprennent des modèles déterministes compartimentaires, des modèles stochastiques de contact individuel et des modèles de réseaux à d'individus. Kendrick fournit un langage spécifique au domaine et une plate-forme de simulation pour la modélisation épidémiologique mathématique. Il aide les épidémiologistes à réaliser des analyses personnalisées à peu de frais. Il est basé sur Pharo et c'est open source sous MIT. Son développement se fait sur SmalltalkHub en ce moment : http://bit.ly/XrpsL2

Kendrick s'appuie largement sur plusieurs outils de la plateforme de méta-modélisation MOOSE, y compris PetitParser et le moteur de visualisation Roassal.

Littosim

Simulation participative pour la sensibilisation des acteurs de l'aménagement du littoral face au risque de submersion marine

 LittoSIM est une plateforme de simulation participative à destination des acteurs locaux. Le jeu sérieux se présente sous la forme d’une simulation intégrant à la fois un modèle de submersion marine, la modélisation d’acteurs agissant sur le territoire (association de défense, services de l’Etat…) et d’actions de jeu jouées in situ par des élus et techniciens (communes et intercommunalité). La simulation porte sur la pointe sud-ouest de l’île d’Oléron et propose une réflexion sur les effets des types d’aménagement du territoire sur la gestion du risque de submersion (défenses frontales, modes d’urbanisation, défenses douces, retrait stratégique). Le jeu vise à explorer différents scénarii de gestion des risques de submersion, dont le déroulement est à la fois induit par les choix d’aménagement des joueurs et par la simulation en tant que telle, contraignant ainsi les trajectoires de jeu. En savoir plus ... 

 

Plugins

  ...